Gobernanza
La gobernanza del Plan Nacional de Búsqueda, Verdad y Justica en tanto instrumento estará a cargo del Comité Interministerial de Derechos Humanos, órgano que tiene por mandato legal conocer y acordar las propuestas de políticas públicas elaboradas por el Ministerio de Justicia y Derechos humanos en materia de derechos humanos que hayan de ser aplicables intersectorialmente. Dicha instancia tendrá por objetivo conocer el estado de avance del PNB, así como los resultados obtenidos, y en base a dicha información, deberá juzgar la necesidad de modificaciones al instrumento o al presupuesto asociado para su ejecución a propuesta del Programa de Derechos Humanos. Estas propuestas podrán emanar de las y los familiares o la sociedad civil, y ser presentadas al Programa de Derechos Humanos, que las derivará al Comité Interministerial de Derechos Humanos.

Comité de Seguimiento y Participación
El Comité de Seguimiento y Participación es el órgano encargado de analizar, asesorar y formular recomendaciones al Estado sobre la implementación del Plan Nacional de Búsqueda. La Secretaría Ejecutiva del Comité es ejercida por el Programa de Derechos Humanos, institución responsable de garantizar las condiciones materiales y logísticas necesarias para su adecuado funcionamiento.
El Comité de Seguimiento y Participación se constituyó el 31 de enero de 2024. Esta fecha marca un hito relevante en la implementación del Plan Nacional de Búsqueda, ya que esta instancia busca fortalecer los principios de participación y transparencia en el proceso.